בדו"ח השנתי שפירסמה האגודה לזכויות האזרח בסוף חודש יוני 2000 נכתב: "שנה טובה לזכויות האדם". אותה שנה אכן החלה כשנה טובה לזכויות האדם, שבה הושגו הישגים מרשימים בתחום בכלל, ועל ידי האגודה בפרט. נדמה היה שההישגים הם תחילתה של תקופה חדשה, שבה יגבר הכבוד לזכויות האדם: נפסל השימוש בעינויים בחקירות השב"כ; נפסלה אפליית ערבים בקבלה ליישובים, בהחלטת בג"ץ בעניין משפחת קעדאן; נפסלה החזקה ממושכת של חיילים במעצר עד להבאה בפני שופט; הוחזרו לבתיהם-מערותיהם פלסטינים מדרום הר חברון, שגורשו על-ידי צה"ל באופן שרירותי; נחקק תיקון לחוק החברות הממשלתיות, המבטיח ייצוג הולם לערבים בדירקטוריונים של החברות הממשלתיות; נרשם לראשונה במשרד הפנים אימוץ ילד על-ידי בת זוגה של אמו הביולוגית; הוכרה זכותן של נשים להתפלל כדרכן ליד הכותל המערבי; שוחררו רוב האזרחים הלבנונים, שהוחזקו בישראל במשך שנים כ"קלפי מיקוח", ועוד.

כעבור שלושה חודשים בדיוק החלה אינתיפאדת אל אקצה והתרחשו אירועי אוקטובר. בציבור הערבי בישראל התחוללה רעידת אדמה כשהפגנות מחאה הפכו להתנגשויות אלימות עם המשטרה, ו-13 בני אדם, כולם ערבים וכולם למעט אחד אזרחי המדינה, נהרגו מירי המשטרה. 

התקופה שהחלה באוקטובר 2000 הציבה בפני האגודה אתגרים חדשים, שלא ידעה כמותם. האגודה היתה בין מובילי הדרישה להקים ועדת חקירה ממלכתית שתחקור את האירועים בצפון, והוציאה יחד עם "עדאלה" והאגודה הערבית לזכויות האדם דוח על האירועים, ובו עדויות ראייה. הדוח, "ימים נוראים", הוגש למחלקה לחקירות שוטרים ולוועדת החקירה הממלכתית (ועדת אור) שהוקמה בעקבות הלחץ הציבורי. 

במקביל פעלו כוחות צה"ל לדיכוי אינתיפאדת אל אקצה בשטחים. האגודה ניצבה בפני קשיים, שנבעו מהאווירה הציבורית ומההגבלות על זרימת מידע מהאזורים שבהם פעל הצבא. התקשורת דיווחה מעט מאוד על המתרחש בשטחים, אשר היו חסומים בפני עיתונאים ובפני פעילי זכויות אדם שביקשו לאסוף מידע אמין. עדויות ראייה שהגיעו באמצעות טלפונים ועדויות של חיילים שצוטטו בתקשורת הצביעו על הפרות בוטות ביותר של זכויות אדם. האגודה הגישה שורה של עתירות לבג"ץ ופעלה במישור הציבורי – באמצעות הודעות לעיתונות ופרסום מודעות בעיתונות –  על מנת להביא לידיעת הציבור את הנעשה בשטחים. 

פעולות האגודה עוררו ביקורת קשה הן בקרב הציבור והן בקרב הרשויות, ובראשן היועץ המשפטי לממשלה. זה תקף את האגודה בחריפות על התבטאויותיה. לצד הביקורת זכתה האגודה לשבחים על נחישותה להגן על זכויות האדם גם בשעת חירום ועל דבקותה בעקרונותיה, לפיהם זכויות האדם אינן מותרות לזמן שלום אלא בסיס לקיומה של חברה ישראלית מתוקנת. בשני העשורים שחלפו מאז המשיכה האגודה לציין את יום השנה לאירועים, להתריע במקרים של יד קלה על ההדק כלפי אזרחי ישראל הערבים, ולהיאבק נגד הצגתם של בני ובנות החברה הערבית כאויבים, פגיעה בזכויותיהם ודחיקתם אל מחוץ לגבולות השיח הפוליטי הלגיטימי.