כבר בשנים הראשונות של האגודה כתב לסלי סבה, ממייסדי האגודה, תזכיר על אשפוז כפוי של חולי.ות נפש וארגן סימפוזיון בנושא. בשנת 1986 הפיצה האגודה תזכיר לגבי שינויים נחוצים בחוק, עליו שקד במשך כשנתיים צוות בסניף תל-אביב – בהשתתפות רות יפה, דן יקיר, לסלי סבה, משה חובב והפסיכיאטר עמיחי לוי. התזכיר היה סנונית ראשונה לרפורמה בעניין האשפוז הכפוי, ואף הוזכר בפסק דין של בית המשפט העליון. נציגי.ות האגודה השתתפו בדיונים שנערכו בכנסת לגבי שינוי החוק.

ב-1988 הגישה האגודה לראשונה ערעור על אשפוז כפוי, באמצעות עורכי הדין ציפי האופטמן ודן יקיר. בסופו של הדיון בבית המשפט המחוזי בתל-אביב התקבלה החלטה חשובה ותקדימית לגבי הזכות להליך הוגן בדיון בוועדה הפסיכיאטרית. מספר הליכים משפטיים שניהלה האגודה בשנות ה-90' המוקדמות הביאו גם הם לפסקי דין חשובים שעיגנו את זכויותיהם של מאושפזים.ות בכפייה (חובת בדיקה פסיכיאטרית לפני אשפוז כפוי, מידת ההוכחה באשפוז כפוי, שיקולי הוועדה הפסיכיאטרית והליכי הדיון באשפוז כפוי).

באותה תקופה לא היתה למאושפזים בכפייה זכות לייצוג של הסיוע המשפטי בפני ועדות פסיכיאטריות, ולאגודה היו מגיעות פניות רבות של אנשים שאושפזו בכפייה וביקשו סיוע משפטי כדי להשתחרר. בין היתר טיפלו בנושא הדר נמיר, מנהלת פניות הציבור באגודה, ועורכי הדין דן יקיר ודנה אלכסנדר. במסגרת הטיפול בזכויותיהם של מאושפזים בכפייה עסקה האגודה גם במגוון נושאים החורג מעצם האשפוז: הזכות של מטופל לעיין בתיקו הרפואי; שלילת זכויות במהלך האשפוז, כגון הזכות לעשות שימוש בטלפון; סוגיית ה"מאושפזים מרצון" – חולים שחתמו על הסכמה לאשפוז, תחת אילוצים שונים, כשלאמיתו של דבר הם בגדר מאושפזים בכפייה, ועוד.

"הטיפול בתחום הזה פתח בפני עולם שלם ומורכב, שבו קיים פער רחב, ולעתים בלתי-ניתן לגישור, בין הגישה הטיפולית-רפואית, הרואה באדם עם מוגבלות נפשית חולה הלוקה בשיקול דעתו בשל מחלתו והזקוק לטיפול רפואי, לבין הגישה הזכותית, הרואה באדם עם מוגבלות נפשית אדם בעל זכויות וחירויות, שאסור להגבילן ללא צורך", סיפרה דנה אלכסנדר. "חלק גדול מהעיסוק בתחום כלל מגעים עם פסיכיאטרים והרצאות במוסדות פסיכיאטריים, בניסיון לגשר על הפער ולהכניס לתוך השיח הרפואי/טיפולי מודעות מוגברת לזכויות ולחירויות המטופל. בפרט נדרשתי להסביר את הבעייתיות העמוקה בכך שפסיכיאטרים, שהם גורם טיפולי-רפואי, ממלאים תפקיד שיפוטי של הגבלת חירות על סמך הערכת סיכונים עתידיים. בהמשך, יותר ויותר פסיכיאטרים קראו בעצמם לשחרורם מתפקיד זה ולהדגשת האופי השיפוטי של ההחלטה על אשפוז כפוי".

ב-2001 עתרה האגודה לבג"ץ יחד עם ארגון בזכות, באמצעות עו"ד דורי ספיבק מהקליניקה לזכויות אדם באוניברסיטת תל אביב, בדרישה שמשרד המשפטים יבטיח ייצוג לכל מאושפז בכפייה בהליכים בוועדות הפסיכיאטריות הדנות באשפוזו. בעקבות העתירה החל משרד המשפטים בפרויקט ניסויי שבו הוענק למאושפזים בכפייה במחוז ירושלים ייצוג משפטי בדיונים בפני הוועדות. הפרויקט הביא בתוך פרק זמן קצר ביותר לשיפור ניכר בשמירה על זכויות המאושפזים במחוז זה, ושר המשפטים התחייב להתקין תקנות, שיסדירו מתן ייצוג משפטי בכל ההליכים המתנהלים בפני הוועדות הפסיכיאטריות ברחבי הארץ. במרץ 2004 עבר בכנסת תיקון לחוק טיפול בחולי נפש, הקובע את זכותו של אדם עם מוגבלות נפשית לקבל ייצוג של עו"ד מהסיוע המשפטי (באשפוז אזרחי) או מהסנגוריה הפלילית (באשפוז פלילי) בפני ועדה פסיכיאטרית.

נייר עמדה של האגודה בנושא אשפוז פסיכיאטרי כפוי, 2011