בתחילת דצמבר 1992 חלה עלייה בפיגועים שביצעו אנשי החמאס והג'יהאד האיסלמי נגד אזרחים ישראלים. ב-13.12.1992 חטפו אנשי חמאס את איש משמר הגבול נסים טולדנו, כשהיה בדרכו מביתו לבסיס שבו שירת בלוד. יומיים לאחר מכן נמצאה גופתו במדבר יהודה. למחרת, ב-16 בדצמבר, החליטה הממשלה לגרש ללבנון "מסיתים לפעולות טרור". ההחלטה הוצאה לפועל מיד, אך לא ניתן לה פרסום.
לעו"ד יהושע שופמן נודע על הגירוש מעו"ד דן יקיר, ששמע על כך מהפרשן המשפטי משה נגבי, וכן מעורכי הדין לאה צמל ואנדרה רוזנטל מהמוקד להגנת הפרט. רוזנטל וצמל ניסו בינתיים להשיג מהשופט אהרן ברק, שהיה באותו ערב השופט התורן בבית המשפט העליון, צו למניעת הגירוש. ברק סירב לבקשתם להוציא צו מניעה כללי, ודרש לקבל שמות של מגורשים. צמל הכינה אפוא עתירות עם שמות שהצליחה להשיג, כשרוזנטל לוקח את העתירות בזו אחר זו לביתו של ברק. הוא התקשר לשופמן, שחיכה למידע בביתו, וסיפר לו שהשופט ברק נתן צו ביניים לגבי כל העתירות שהוגשו לו. שופמן נועץ עם רות גביזון, אז יו"ר הנהלת האגודה, ועם חברים אחרים, אם לעתור לבג"ץ. תוך כדי ההתייעצויות הגיע מידע שהגירוש כבר החל, ואוטובוסים יצאו ממתקן הכליאה בקציעות בדרכם לצפון בשעה 22:00.
בסופו של דבר כתב שופמן עתירה בכתב-ידו, ובה ביקש צו ביניים כללי שימנע באופן זמני את הגירוש, עד לדיון בבית המשפט. טענת האגודה היתה שצו המאפשר גירוש ללא זכות טיעון הוא בטל ובלתי חוקי.
"היה לילה גשום", סיפר שופמן, "הגענו, דנה בריסקמן ואני, לבית של ברק. בחוץ היו צוותי טלוויזיה. ההרגשה הייתה קשה, התייסרנו אבל אמרנו אין ברירה. ברק עיין בעתירה, כתב בכתב ידו: 'צו ביניים כמבוקש' וקבע דיון לשעה 10:00 בבוקר".
בהוראת הנשיא מאיר שמגר הדיון הוקדם לחמש בבוקר. יהושע שופמן, אנדרה רוזנטל ולאה צמל טענו מטעם העותרים. היועץ המשפטי לממשלה, יוסף חריש, טען מטעם המדינה, לאחר שפרקליטת המדינה דורית ביניש ומנהלת מחלקת הבג"צים נילי ארד סירבו להגן על החלטת הגירוש. אז יצאו השופטים להתייעצות. כשחזרו הודיעו על החלטתם להרחיב את ההרכב לשבעה שופטים וזימנו את הרמטכ"ל או סגנו להופיע בפניהם בשעה אחת-עשרה.
"האוטובוסים חונים קרוב לגבול לבנון", סיפר שופמן, "415 עצירים יושבים מכוסי-עיניים, המתנה. הגיע הרמטכ"ל אהוד ברק שהתחיל לתאר את המצב הבטחוני ואת חטיפת נסים טולדנו ז"ל, ואז אמר: יכול להיות שטעינו. אולי לא היינו צריכים לעשות מה שעשינו אבל עכשיו הם יושבים ליד הגבול ואם תורו להחזיר אותם זה ייתפס כניצחון מוראלי של החמאס, שייתן מוטיבציה לחמאס, והתוצאות יכולות להיות קשות מאוד. זה היה מאוד אפקטיבי."
לאחר התייעצות ממושכת חזרו השופטים והודיעו שברוב של חמישה נגד שניים החליטו לבטל את צו המניעה הזמני ולאפשר לצה"ל להמשיך בגירוש. האוטובוסים חצו את הגבול ופרקו את מטענם האנושי בצדו הלבנוני. יחד עם זאת בג"ץ הוציא צו על תנאי המורה לשר הביטחון ולצה"ל לנמק את החלטת הגירוש.
לאחר החלטת בג"ץ הראו באחת ממהדורות החדשות בטלוויזיה את שופמן ביציאה מבית המשפט. הוא הביע צער על כך שבג"ץ נתן יד להחלטה שהיא לדעת האגודה בלתי חוקית, והביע תקווה כי לאחר קיום הדיון לגופו של עניין יקבל בית המשפט את העתירה. מיד אחר-כך הופיע על המסך ראש הממשלה יצחק רבין, ותקף את האגודה במילים חריפות כשהוא פותח במלים "ראיתי את פרקליט האגודה לזכויות החמאס".
באמצע ינואר התקיים דיון לגופה של העתירה. כעבור עשרה ימים פורסם פסק הדין, ובו נקבע כי הצו החדש שהוציאו אלופי הפיקודים, לפיו ניתן לגרש ללא מתן זכות טיעון, אינו חוקי. עם זאת נקבע כי אי-קיום זכות הטיעון מראש אינו פוגם בתוקפם של הצווים, וכי המגורשים רשאים לממש את זכות השימוע שלהם בדיעבד. בית המשפט קבע שצריך לאפשר להם להופיע בפני הוועדה המייעצת ולהשמיע את טענותיהם, וכי הדבר יכול להיעשות בכל מקום בו יכול צה"ל להבטיח את תקינות הדיון (כלומר גם בדרום לבנון).
"קיבלתי הרבה איומים טלפוניים, עליי ועל משפחתי". מספר שופמן, "למחרת פרסום פסק הדין, כשכבר הפסדנו, מצאתי את ארבעת צמיגי המכונית שלי חתוכים והרדיאטור מנוקב." מהצד השני ספגה האגודה ביקורת בטענה שמה שמטריד אותה אינו עצם הפרת הזכויות אלא העדר הליך הוגן, וכי בהגשת עתירה לבג"ץ האגודה משרתת אינטרס של המדינה להציג כלפי חוץ דימוי נאור.
מאחר שלא התקיים דיון פרטני לגבי כל אחד מהמגורשים לפני הגירוש, התגלו בימים שלאחריו עובדות מתמיהות. יוסף ג'בארין, אז רכז השטחים של האגודה (ולימים עורך דין באגודה, ד"ר למשפטים וחבר כנסת), טיפל בעניינו של תושב חברון שגורש בטעות. הוא הוחזר לאחר ימים אחדים כאשר הטעות התבררה, והאגודה ייצגה אותו בדרישה לפיצויים על עוגמת הנפש והסבל שנגרם לו. לאחר שהוכח שלא היה בסיס עובדתי לגירוש, הוא קיבל פיצויים בפשרה, לפני שהתיק הגיע לבית המשפט.