"שלילת חירותם של המסתננים על ידי כליאתם לתקופה ארוכה הינה פגיעה אנושה ולא מידתית בזכויותיהם, בגופם ובנפשם. אל לנו לפתור עוול אחד ביצירת עוול אחר. לא נוכל לשלול זכויות יסוד בסיסיות ובה בעת לפגוע ביד גסה בכבוד האדם ובחירותו במסגרת פתרון לבעיה הדורשת פתרון מערכתי-מדיני הולם." (מתוך פסק הדין בעתירה הראשונה נגד "חוק ההסתננות") 

באמצע העשור הראשון של שנות ה-2000 החל גידול ניכר במספרם של מבקשי ומבקשות המקלט שהגיעו לישראל, בעיקר מסודן ומאריתריאה דרך מצרים. במקום לקיים את חובותיה על פי אמנת הפליטים, לתת למבקשי המקלט מעמד זמני ואפשרות להתפרנס ולבדוק באופן הוגן את בקשותיהם לקבלת מעמד של פליטים, מדינת ישראל לא בחנה כלל את בקשותיהם, ועשתה כל שביכולתה כדי להיפטר מהם.

בין האמצעים שבהם נקטה ישראל במשך השנים היו החזרה מידית של הפליטים בגבול מצרים ("החזרה חמה"), וניסיון לגרשם למדינה שלישית (מכיוון שמדינת ישראל עצמה הודתה שהיא לא יכולה להחזירם לארצות מוצאם, שם נשקפת להם סכנה). משהניסיונות לא צלחו, החלה ישראל להמציא דרכים יצירתיות כדי להמאיס על מבקשי.ות המקלט את החיים בישראל, כך שייצאו ממנה "מרצון". חלק מהשיטות כוונו לצמצם את יכולתם להתפרנס, למשל באמצעות הגבלת האזורים בארץ שבהם יוכלו לשהות ("נוהל גדרה-חדרה") או ניכוי סכומים משמעותיים משכרם ("חוק הפיקדון"). האגודה, יחד עם שורה של ארגונים עמיתים, נאבקה בעקשנות נגד אמצעים אלה ולהגנה על זכויותיהם של הגברים, הנשים והילדים שנסו על נפשם, הגיעו לכאן בחוסר כל ובלית ברירה וביקשו הגנה. באגודה הוביל את המאבקים עו"ד עודד פלר. המאבק המתמשך והמתוקשר ביותר, שעורר דיון ציבורי נרחב וסוער, היה בעניין "חוק ההסתננות" וכליאתם של מבקשי מקלט במתקן "חולות". 

ביוני 2012 החלה המדינה לאכוף תיקון לחוק למניעת הסתננות. התיקון, שהפך למוכר בציבור ובתקשורת בשם "חוק ההסתננות", איפשר להחזיק מבקשי מקלט במעצר מינהלי ללא משפט לפרק זמן של שלוש שנים לפחות. מכוח החוק הוחזקו במתקן "חולות" שהוקם בנגב בעיקר אזרחי סודן ואריתריאה כמה?, שהממשלה עצמה הכירה בכך שאסור לגרשם בשל הגורל הצפוי להם שם. "חוק ההסתננות" רוקן מתוכן את הזכות לחירות – אחת הזכויות הבסיסיות ביותר – של אלפים רבים של אנשים, ונטל מהם כל הגנה משפטית. זה היה מעצר מינהלי שתכליתו אינה גירוש או ענישה על עבירה, אלא הרתעה ו"המאסת החיים" של מבקשי המקלט. 

יחד עם ארגונים עמיתים, עתרנו לבג"ץ שלוש פעמים נגד התיקון לחוק. בכל אחת מהפעמים בית המשפט קבע שהתיקון אינו חוקתי מכיוון שהוא פוגע באופן לא מידתי בזכויות האדם, ובכל אחת מהפעמים הממשלה והכנסת חוקקו אותו מחדש בנוסח מרוכך יותר, שקיצר את תקופת השהייה המקסימלית ב"חולות" שאפשר היה לכפות על מבקשי המקלט. בעקבות פסק הדין בעתירה השלישית קיצרה הכנסת את המשך המרבי של השהות ה"חולות" ל-12 חודשים. המשכנו להיאבק והגשנו שורה של עתירות בדרישה לשפר את התנאי החיים במתקן, עד שהוא נסגר לבסוף במרץ 2018. 

במשך השנים, ובעיקר לאחר בניית גדר בין ישראל למצרים, זרם מבקשי המקלט הנכנסים לישראל פחת. נכון ליולי 2021 שהו בישראל כ-28,000 מבקשי מקלט מאריתריאה וסודן. הם שוהים בישראל כחוק ומחזיקים באשרת שהייה זמנית, אך המדינה עדיין מונעת מהם הכרה כפליטים ולא בודקת את בקשות המקלט שהגישו. מדיניות זו מותירה אותם במצב של לימבו, שבו הם ממשיכים לחיות באי-ודאות ואינם זכאים לזכויות בסיסיות כמו ביטוח רפואי ושירותים סוציאליים.

בין השותפים למאבק: רופאים לזכויות אדם, המוקד לפליטים ולמהגרים,  א.ס.ף - ארגון סיוע לפליטים ולמבקשי מקלט בישראל, קו לעובד, ARDC - המרכז לקידום פליטים אפריקאים, הקליניקה לזכויות מהגרים במרכז האקדמי למשפט ולעסקים, הקליניקה לזכויות פליטים בפקולטה למשפטים באוניברסיטת תל-אביב.

עתירה ראשונה נגד "חוק הסתננות" (2012)

עתירה שנייה (2013)

עתירה שלישית (2014)

פליטים ומבקשי מקלט מאריתריאה ומסודן – תמונת מצב 2021