"וכי הפרידה מבן זוג מאותו מין קלה יותר מפרידה מבן זוג מהמין השונה? האם חיי השיתוף בין בני אותו מין שונים הם, מבחינת יחסי השיתוף והאחווה וניהול התא החברתי, מחיי שיתוף אלה בין בני זוג ממין שונה?" (מתוך פסק הדין ב"בג"ץ דנילוביץ'")
ב-1979, בתשובה לפנייה של אחד מחברי האגודה שביקש פרטים לגבי פעולות האגודה הנוגעות לבעיות ההומוסקסואלים בארץ, השיב לו מזכיר האגודה כי הנהלת האגודה רשמה לפניה את פנייתו "והביעה דעתה שמן הראוי להתייחס לנושא בעתיד. בעבר לא נקטה האגודה בצעדים כלשהם בנושא בעיות ההומוסכסואלים בארץ".
חלפו עוד ארבע שנים עד שנעשתה פעולה של ממש: באוגוסט 1983, בעקבות פרסום בעיתון על כך שחוזהו של אדם בצה"ל הותר בעקבות תלונה של אשתו על היותו הומוסקסואל, פנתה רות גביזון, אז יו"ר ההנהלה, לראש אכ"א בצה"ל ושאלה אם נטייה מינית היא נתון רלוונטי לשירות בצה"ל ואם היא מונעת את המשך השירות. ראש אכ"א השיב באוקטובר 1983 כי נטיות הומוסקסואליות אינן מונעות מחייל שירות צבאי. ניסיון לברר אם נטיות הומוסקסואליות מגבילות את שירותו של חייל, ואיך מנסה צה"ל לעמוד על נטיות אלו, לא נענה, הגם שלאגודה היה ידוע, כי בפקודות מטכ"ל נקבע במפורש, כי בתפקידים מסוימים לא יועסקו חיילים הומוסקסואלים.
ב-1989 פנה אל האגודה יונתן דנילוביץ, דייל אל-על, שחי עם בן זוגו מאז 1979. החברה סירבה לבקשתו לקבל כרטיסי טיסה עבור בן זוגו, כפי שמקובל באל-על לגבי בני זוג ידועים בציבור. התביעה שהגישה בשמו האגודה לבית הדין לעבודה, באמצעות עו"ד שירה דונביץ, הייתה הפעם הראשונה בישראל שבה הומוסקסואל תבע זכויות שוות. התביעה הוגשה כשלוש שנים לפני התיקון לחוק שוויון ההזדמנויות בעבודה, שאסר אפליה בעבודה בשל נטייה מינית, אך בשל התארכות הדיונים בתיק, כשניתנה ההכרעה בבית הדין האזורי לעבודה כבר היה מונח בפניו התיקון לחוק, שהאגודה הייתה פעילה מרכזית בחקיקתו (יחד עם "עוצמה", הזרוע הפוליטית של אגודת ההומואים והלסביות). בהסתמך על התיקון לחוק קבע בית הדין, כי מדיניות אל-על מפלה בשל נטייה מינית ולפיכך היא בלתי חוקית. ערעור שהגישה אל-על לבית הדין הארצי לעבודה נדחה, וכך גם עתירה שהגישה ב-1994 לבג"ץ.
מסוף שנות השמונים פעלה האגודה – בעיקר באמצעות עו"ד דן יקיר – בהצלחה רבה לקידום זכויותיהם של הומוסקסואלים ולסביות לשוויון, לכבוד, לחיי משפחה ולהורות. בין היתר פעלנו להכרה בזוגיות של בני אותו מין ובזכויות הנובעות ממנה, כגון הכרה באלמן צה"ל, זכויות פנסיה, קצבת שארים, נהיגה ברכב פטור ממסים, פטור ממס שבח ועוד; לרישום שתי אמהות לילד במרשם האוכלוסין בעקבות אימוץ שנעשה בחו"ל; ולרישום במרשם האוכלוסין של נישואי בני זוג מאותו המין שנערכו בחו"ל.
בשנות ה-2000 פעלה האגודה יחד עם "הבית הפתוח" כדי לאפשר את קיומו של מצעד הגאווה בירושלים. בעשור השני של שנות ה-2000 סייענו גם לפעילות ולפעילים מבאר שבע, כפר שבא, בת ים, נתניה ועוד לקיים את מצעדי הגאווה הראשונים בעריהם. בשנים אלה הרחיבה האגודה את פעילותה גם לזכויות של הקהילה הטרנסית. בין היתר ייצגנו אסירה שביקשה לעבור תהליך של התאמה מגדרית, והצטרפנו כידיד בית המשפט להליך בעניין תאי שירותים לא ממוגדרים. לאחרונה השקנו פרויקט לקידום נראות וייצוג של חברי וחברות הקהילה הטרנסית, יחד עם "מעברים לקשת הטרנסית" ו"פרויקט גילה", ובשיתוף עם הקליניקה למימוש זכויות אדם בהליך האזרחי באוניברסיטת חיפה.
פעילות האגודה לזכויות האזרח בנושא זכויות הומואים ולסביות - פרק מתוך הדו"ח השנתי הראשון של המועצה הפוליטית לזכויות הגייז בישראל, 2001
וידאו: אדיר שטיינר מספר על מאבקו לשוויון בסיוע האגודה
תנו לדייל להתרומם אל-על
ב-1979, בתשובה לשאלה של חבר האגודה, הוא נענה ש"בעבר לא נקטה האגודה בצעדים כלשהם בנושא בעיות ההומוסכסואלים בארץ", וש"מן הראוי להתייחס לנושא בעתיד". מאז השתנו כמה דברים, והאגודה הפכה לאחד הארגונים המובילים בקידום זכויות להט"ב.
בנות פסיה מופיעות באירוע של האגודה וקל"ף בנושא הורות לסבית, 1995.