הפעולה הראשונה של האגודה בהקשר זה היתה ביקור של נציגיה, ובהם עו"ד נטע זיו, בכלא דהרייה, שבו הוחזקו פלסטינים החשודים בהפרות סדר. התברר שהתנאים בכלא קשים ביותר, וכשהם לא שופרו למרות הבטחות הצבא, הוחלט לעתור לבג"ץ. בצעד חריג החליטו השופטים לערום סיור בכלא, ולקראת הביקור שופרו התנאים במקום.
הפרות זכויות האדם בשטחים השתלטו במידה רבה על סדר היום של האגודה, וחלק ניכר מהפעילות המשפטית והציבורית הוקדש לתחום זה. פורסמו מודעות בעיתונות ובהן הבהרה מהי פקודה בלתי חוקית בעליל, והצהרה השוללת את השימוש במעצר מינהלי. החלה מסכת התכתבויות אין-סופיות עם הרשויות. עו"ד תמר פלג-שריק נסעה כמעט יום יום לרצועת עזה ולמחנה המעצר בקציעות. היא טיפלה בזכויות הכלואים – מהבאת ספרי קריאה, דרך הסדרת טיפול רפואי וכלה בהבטחת תנאי מפגש בינם לבין עו"ד – והופיעה באלפי ערעורים על מעצר מינהלי של עצירים, שהוחזקו בקציעות. עו"ד עליזה הרמן, ואחריה עורכי הדין דן סיימון ואליהו אברם, טיפלו באזור הגדה המערבית.
איתור העצירים היה בעיה קשה: על אף קיומה של הוראת חוק, המחייבת את שלטונות צה"ל לדווח למשפחת העצור ללא שיהוי על דבר המעצר, לא מילאו רשויות הצבא את חובתן. לאחר הגשת תלונות רבות בעניין זה עתרה האגודה לבג”ץ בשם עצורים פלסטינים. העתירה נדחתה, לאחר שבפני בית המשפט הוצג נוהל חדש ומפורט שהונהג בצה"ל להסדרת הנושא. לאחר כמה חודשים שבהם הנוהל לא יושם החל שיפור, ואותרו עצורים רבים שבני משפחותיהם לא ידעו על דבר מעצרם ועל מקום הימצאם.
עוד עתירות בעניין זכויות האדם בשטחים עסקו בניתוק קווי טלפון והחרמת תעודות זהות, כאמצעי לחץ על תושבים; באישורי יציאה לחו"ל; בתקופות המעצר הארוכות עד לדיון בפני שופט; בתנאי הכליאה בבית סוהר השרון, בענתות ובקציעות; בעוצר הלילה הממושך ברצועת עזה, ועוד.
את אחת העתירות המשמעותיות באותה תקופה הגיש עו"ד יהושע שופמן. בעתירה דרשה האגודה מהפרקליט הצבאי הראשי להעמיד לדין את אל"מ יהודה מאיר, שהורה לחייליו לשבור ידיים ורגליים לתושבי שני כפרים בשטחים. בג"ץ קיבל את העתירה, ובפסק דין תקדימי הורה לפרקליט הצבאי הראשי להעמיד את מאיר לדין. משפטו התנהל במשך למעלה משנה, ובסופו הורשע ונגזרה עליו הורדה בדרגה מאל"מ לטוראי. פסק הדין בעניינו של יהודה מאיר שימש בסיס למערך שיעור של קצין חינוך ראשי בצה"ל, על מנת ללמד את חיילי צה"ל מהי פקודה בלתי חוקית בעליל.
עתירות אחרות של האגודה עסקו בהריסת בתי משפחותיהם של חשודים בפעולות נגד ישראלים. לאחר שבג"ץ דחה בעקביות עתירות, שהוגשו נגד עצם חוקיותה של הריסת בתים, החליטה האגודה לעתור לבג"ץ בדרישה לאפשר לבעלי בתים המיועדים להריסה זכות לערער על ההחלטה. בג"ץ קיבל את העתירה ב-1989 בפסק דין תקדימי. עם זאת, אפשר לספור על אצבעות יד אחת את העתירות נגד הריסת בית שהתקבלו, מתוך מאות עתירות שהוגשו לבג"ץ. העתירות בעניין עוררו כעס ומשכו ביקורת על האגודה מימין ומשמאל – ממי שצידדו בהריסות בתים, ומנגד ממי שסברו שבהגשת העתירות האגודה מעניקה לגיטימציה לשימוש באמצעי זה.
אינתיפאדה וזכויות האדם בשטחים
כשפרצה האינתיפאדה לא שיערו מה יהיה היקפה ומשכה, ובאגודה נפתח תיק בשם "אירועי דצמבר 87". עד מהרה התברר כי מדובר במשהו רחב בהרבה.
עורכי הדין יהושע שופמן ונטע זיו בכלא דהרייה